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Végépolys : le nom de la rose et le goût de la pomme

La génétique a bouleversé les perspectives de recherche en horticulture. Les scientifiques de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS)1, au sein du pôle angevin, détaillent pour Culture Sciences ces nouvelles pistes. Avec toujours les mêmes objectifs : qualité et sélection variétale.

Malgré ses épines, le rosier est l’une des plantes préférées des français. Il est présent dans 56 % des jardins ! Un chiffre impressionnant. Pourtant, le rosier se vend moins bien qu’avant. De plus en plus coupé de ses racines rurales, le consommateur délaisse les traditionnelles plantations en racines nues en terre à l’automne. Une activité qui demande plus de travail. Il cède aujourd’hui davantage aux sirènes de l’achat impulsif de rosiers en sachet de deux litres, qui se plantent au printemps, mais avec des chances de reprises moindres. 
Pour maintenir la demande, une solution intermédiaire serait de proposer des plants plus robustes et nécessitant moins d’entretien. Fabrice Foucher, chercheur à l’IRHS à Angers, spécialiste des rosiers, en est convaincu. "Il y a une forte demande du consommateur pour des plantes résistantes et qui nécessitent moins de pesticides", analyse-t-il. Sa recherche sur le rosier vise entre autres deux objectifs : accélérer la création variétale en ornement et développer des outils pour augmenter la résistance aux maladies. Un enjeu écologique et sociétal fort.
 
Jusqu’à aujourd’hui, la sélection par marqueurs restait la méthode la plus utilisée en sélection végétale. "Cela nous permet parmi les plantes de cribler celles qui ont acquis les caractères recherchés. Rapidement, dès la première descendance, nous pouvons avoir des résultats. Nous isolons ensuite les caractères intéressants dans ces plants, détaille le chercheur. Mais sur le rosier, la sélection par marqueurs n’est pas appliquée. Nous souhaitons accomplir un saut technologique avec la sélection génomique. Là, on ne se basera plus sur la descendance pour étudier la ségrégation des caractères". Pour y parvenir, les chercheurs se baseront directement sur le génotype. Fabrice Foucher : "A partir d’une population de rosiers, nous obtiendrons un modèle. Grâce à la connaissance de son génotype (accessible aujourd’hui avec les techniques de séquençage), nous pourrons ainsi prédire le phénotype et sélectionner des plantes d’intérêt. Avec cette méthode, nous allons pouvoir aller beaucoup plus vite dans notre processus d’identification et de sélection des caractères".  
 
Décryptage
 
L’ensemble de ce travail trouve sa place dans Végépolys, le pôle de compétitivité  angevin impliquant notamment l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), l’Université d’Angers et Agrocampus Ouest. L’idée, comme tous les pôles, est de favoriser les liens entre recherche et entreprises. Ou comment concrétiser l’innovation. Le décryptage du génome du rosier est l’une des perspectives fortes du moment. "Ce projet, financé par l’INRA et la région Pays de Loire, implique aussi des laboratoires à Lyon, explique Fabrice Foucher. Les premières séquences ont été obtenues début 2013. C’est une étape décisive". Identifier les gènes responsables de l’architecture du rosier, de l’émission de parfum... Des perspectives alléchantes autant pour les chercheurs que pour les pépiniéristes qui voient là une possibilité de dynamiser leur marché. "La biologie moléculaire se démocratise, analyse le chercheur. Soit les entreprises externalisent. Soit elles effectuent elles-mêmes ces travaux. Des sociétés semencières ont effectué ce saut. De notre côté, nous faisons des études de déterminisme génétique qui, à terme, pourront être utilisées par les sélectionneurs pour améliorer les rosiers de demain. Tel plant présente des résistances intéressantes etc. Aux industriels de transposer cela dans leur production."
 
Au sein de Végépolys, ces travaux de recherche sur le génome de la rose trouvent aussi un écho pour le fruit le plus populaire : la pomme. "Cela fait deux ans que des scientifiques italiens ont établi le génome de la Golden, un projet auquel nous avons été associés, explique François Laurens, lui aussi agronome à l’IRHS. Cela ne veut pas dire qu’il nous soit connu à 100%. Il y a des endroits de la séquence qui sont encore incertains. C’est comme une sorte de brouillon. Nous avons désormais une connaissance du génome à 70/80%".
 
Sur la pomme, les chercheurs sont encore aujourd’hui dans une phase d’affinage. Mais à terme, les connaissances sur le génome leur permettront à eux-aussi de mieux comprendre l’expression de certains caractères. "Cette cartographie permettra d’une part de trouver des millions de marqueurs moléculaires qui faciliteront la localisation des gènes sur les chromosomes et d’autre part de mieux comprendre l’expression des gènes, tient à préciser le chercheur. Prenons un exemple avec la farinosité de la pomme. Nous effectuons une comparaison entre pommes farineuses et pommes non farineuses. Nous comparons l’expression des gènes pour chacun de ces deux types  L’analyse des résultats permet de mettre en évidence des gènes qui seront « sur » ou « sous » exprimés". Comme pour le rosier, les scientifiques mettent en oeuvre les outils de la génétique et la sélection variétale pour améliorer la qualité des fruits.
Laurent Salters
 
1 L’IRHS est une unité mixte de recherche INRA (Institut national de la recherche agronomique), Agrocampus Ouest et Université d’Angers.

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