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Quand biologie rime avec informatique

Bioinformatique

Actualité scientifique
Data visualisation du génome de la grippe, par Jer Throp/CC-BY.

Le projet en bioinformatique GRIOTE doit répondre aux nouveaux enjeux numériques de la recherche en région en mutualisant les forces.

Produire des données, d’accord. Les traiter et les comprendre, c’est mieux. La révolution numérique de la dernière décennie donne naissance à une production d’information sans précédent. Dans le domaine des sciences, c’est même une avalanche de données qui déferle dans les laboratoires de biologie. C’est particulièrement le cas pour tous les projets de recherche impliquant la génomique, où la nécessité de nouveaux développements bioinformatiques, qui mêlent subtilement biologie, mathématiques et informatique, sont indispensables. Comment exploiter au mieux ce qui, pour les scientifiques, s’assimile à une gigantesque mine d’informations ?

Le problème, c’est que la production de données augmente plus vite que les capacités à les analyser”, constate Jérémie Bourdon, maître de conférences en informatique à l’Université de Nantes (1). Il est chargé de coordonner GRIOTE, un projet interdisciplinaire lancé fin 2013 en région pour la recherche en bioinformatique. Treize laboratoires sont impliqués. L’idée est précisément de permettre aux chercheurs de la région d’unir leurs forces afin d’exploiter les données à grande échelle.

Algorithmes

Réduit à sa plus simple expression, le projet scientifique de GRIOTE consiste à mettre au point des algorithmes performants pour traiter les données dans des programmes de recherche en bioinformatique, explique Jérémie Bourdon. Pour nous, l’objectif est donc de mutualiser les forces régionales en bioinformatique, ses moyens informatiques et les ressources humaines à disposition.
GRIOTE s’appuie notamment sur le réseau Biogenouest. Créé en 2002, ce maillage fédère les équipements et les ressources humaines pour analyser le vivant entre les régions Bretagne et Pays de la Loire.

Le projet, qui doit s’étaler sur quatre ans, ne se limite pas à de la collaboration entre laboratoires. La formation, notamment à destination des entreprises, est aussi un élément central. “Les sociétés de biotechnologie dans la région veulent elles-aussi former leurs techniciens biologistes à la bioinformatique pour pouvoir traiter ces nouveaux types de données. Nous envisageons des groupes d’une quinzaine de personnes mêlant des salariés et des étudiants”, détaille Jérémie Bourdon. L’été prochain, les responsables de GRIOTE lanceront une école d’été à destination des étudiants. “Nous avons tenté le coup cette année, mais nous n’avons pas mobilisé assez d’étudiants, confie Jérémie Bourdon. Nous devons encore travailler pour mieux identifier le public à viser.

Le projet GRIOTE amène la bioinformatique au centre des enjeux scientifiques dans la région. “Des médecins commencent à venir nous voir pour discuter de leurs projets, par exemple dans le domaine de la médecine personnalisée. Ils ont entendu parler de GRIOTE. On ressent déjà les effets de la mutualisation en terme de visibilité de la bioinformatique en région et c’est une première réussite du projet”, conclut Jérémie Bourdon.

 

L.Salters

(1) Jérémie Bourdon est rattaché au LINA (Laboratoire d’Informatique de Nantes Atlantique) et responsable de l’équipe Combinatoire et Bioinformatique.

Informations complémentaires

Pour aller plus loin dans vos recherches, consultez notre dossier consacré à la santé et aux thérapies de demain.

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